2008年9月5日，在北京召开的中国科学院院长办公会上，朱永官副所长代表城市环境研究所汇报了《中国科学院城市环境研究所中长期发展规划纲要》（以下简称《规划纲要》），院长办公会审议并通过了该规划纲要。
中长期发展战略规划作为指导我所建设发展的纲领性文件，从研究所筹建伊始就受到所领导的高度重视。根据中国科学院和厦门市人民政府共同确定的建所方案，研究所自2006年8月开始组织专家起草编制《中国科学院城市环境研究所中长期发展战略研究报告》（以下简称《战略研究报告》）和制定《规划纲要》。研究所组织各方专家经过2年的努力，在中国科学院和厦门市政府的关心、支持以及国内外专家的指导下，编制完成了《战略研究报告》和《规划纲要》。
 《规划纲要》明确了研究所的使命和定位，提出了发展目标、发展战略和战略保障措施，体现了中国科学院对研究所工作“基础性、战略性、前瞻性”的要求。全所职工将发扬“忠诚?尽责”的所训精神，勇于奉献、开拓进取，按照《规划纲要》的总体要求，坚持高起点和高标准，认真落实相关部署，为把城市环境研究所建设成为具有国际影响的城市环境科学技术研究机构而努力奋斗。