由国家自然科学基金委员会组织的2008年度国家自然科学基金专家评审工作已经结束，城市环境研究所有六个项目获得国家自然科学基金资助。六个项目分别是：
1. 湿地修复重建过程中土壤可还原氧化物结合态磷和重金属的还原解吸-再吸附机理（俞慎负责）； 
  2. 基于原位试验的生态毒理效应与评价方法的研究（王灶生负责）；
  3. 发酵制氢系统产氢产乙酸菌群的生理生态学与调控对策（朱葛夫负责）；
4. 红壤中多环芳烃（芘）生物降解过程的分子监测及功能微生物群落演变研究（蔡超负责）；
5. 饮用水体溶解性有机物深度分级表征及对典型污染源响应机理（魏群山负责）；
6. 城市土地利用格局变化对水生浮游藻类群落多样性和稳定性的影响机制研究：以厦门市为例（郭青海负责）。