城市环境研究所面向国家城市化发展过程中的生态环境保护等重大战略需求，面向国际城市生态科学和环境科学与技术的发展前沿，在城市生态、环境与健康，城市环境治理与修复技术，环境治理工程与循环经济，城市规划与环境政策等领域，申请国家与地方紧密相关的研究课题，在2012年的国家自然科学基金的评审中，城市环境研究所共有25个项目获得国家基金委资助，经费总计1503万元。其中：国际(地区)合作与交流项目1项，300万元；面上项目14项，955万元；青年科学基金项目10项，248万元。

其中与地方服务密切相关的项目主要有：流域尺度抗生素环境行为与抗性基因污染特征、致突变性消毒副产物对细菌抗生素抗性的影响及其机理研究、城市湿地微生物群落结构与功能研究等9项，共计639万元。